1、western blot 的優(yōu)點(diǎn)
答: 靈敏,可達(dá)ng級(jí),用Ecl顯色法理論上可達(dá)pg 級(jí)。方便,特異性高。
2、為什么我的細(xì)胞提取液中沒有目標(biāo)蛋白?
答: 原因有很多: a) 你的細(xì)胞中不表達(dá)這種蛋白質(zhì),換一種細(xì)胞;b) 你的細(xì)胞中的蛋白質(zhì)被降解掉了,你必需加入PMSF,抑制蛋白酶活性;c) 你的抗體不能識(shí)別目標(biāo)蛋白,多看看說明,看是否有問題。
3、我的細(xì)胞提取液有的有沉淀,有的很清亮,為什么呢?
答: a) 有沉淀可能因?yàn)槟愕牡鞍讻]有變性*,可以適當(dāng)提高SDS 濃度,同時(shí)將樣品煮沸時(shí)間延長, b) 也不排除你的抗原濃度過高,這時(shí)再加入適量上樣緩沖液即可。
4、我做的蛋白質(zhì)分子量很?。?0KD),請問怎么做WB?
答:可以選擇0.2μml的膜,同時(shí)縮短轉(zhuǎn)移時(shí)間。也可以將兩張膜疊在一起,再轉(zhuǎn)移。其他按步驟即可。
5、我的目的帶很弱,怎么加強(qiáng)?
答:可以加大抗原上樣量。這是zui主要的。同時(shí)也可以將一抗稀釋比例降低。
6、膠片背景很臟,有什么解決方法?
答:減少抗原上樣量,降低一抗?jié)舛?,改變一抗孵育時(shí)間,提高牛奶濃度。
7、目標(biāo)帶是空白,周圍有背景,是為什么?
答:你的一抗?jié)舛容^高,二抗上HRP 催化活力太強(qiáng),同時(shí)你的顯色底物處于一個(gè)臨界點(diǎn),反應(yīng)時(shí)間不長,將周圍底物催化完,形成了空白即“反亮現(xiàn)象”。將一抗和二抗?jié)舛冉档?,或更換新底物。
8、我的膠片是一片空白,是怎么回事?
答:如果能夠排除下面的幾個(gè)問題那么問題多半出現(xiàn)在一抗和抗原制備上。
a) 二抗的HRP 活性太強(qiáng),將底物消耗光;b) ECM底物中H2O2,不穩(wěn)定,失活;c) ECL底物沒覆蓋到相應(yīng)位置;d) 二抗失活。
9、我在顯影液中顯影1分鐘和5分鐘后,底片漆黑一片,是什么原因呢?
答:a) 可能是紅燈造成的, 膠片本來就被曝光了,可以在*黑暗的情況下操作.看是否有改善.;b) 顯影時(shí)間過長。
10、DAB好還是ECM好?
答:DAB 有毒,但是比較靈敏,是HRP zui敏感的底物;ECM結(jié)果容易控制,但被催化時(shí)靈敏度差一點(diǎn),但如果達(dá)到閥值,就特別靈敏,可以檢測pg 級(jí)抗原。要看你實(shí)驗(yàn)的情況。
11、抗原檢測出的分子量比資料上的大,是怎么回事?
答:a)抗原形成了二聚體。增多巰基量,煮沸變性時(shí)間延長,可以打開二聚體。b)蛋白本身的修飾如:糖基化,磷酸化等
12、蛋白轉(zhuǎn)移不到膜上,但膠上有,同時(shí)Marker 轉(zhuǎn)上去了,為什么?
答:可能是:a)樣品濃度過低;b)轉(zhuǎn)移時(shí)間不夠,。
13、磷酸化抗體的檢測樣本制備時(shí)是否一定要加NaF等?
答:NaF是一種廣譜磷酸化酶的抑制劑,一般加。但是不加也可以,大部分時(shí)候是不用加的。
14、要驗(yàn)證某個(gè)細(xì)胞上有無該蛋白的存在,需要做免疫組化和western blot試驗(yàn)嗎?做這兩個(gè)試驗(yàn)時(shí)的一抗和二抗可以共用嗎?
答: ① 免疫組化可以用來進(jìn)行定位,但是不能定量,而且有時(shí)會(huì)有假陽性,不易與背景區(qū)分;Western blot可以特異性檢測某個(gè)蛋白質(zhì)分子,進(jìn)行定量,但是不能定位。
?、?兩種實(shí)驗(yàn)的一抗有時(shí)候不能通用,公司的產(chǎn)品說明一般都會(huì)說明可以進(jìn)行什么實(shí)驗(yàn),在免疫組化時(shí),是否適合石蠟切片或者冰凍切片。
15、做Western Blot時(shí),提取蛋白后凍存(未加蛋白酶抑制劑),用的博士德的一抗,開始還有點(diǎn)痕跡,現(xiàn)在越來越差,上樣量已加到120μg,換了個(gè)santa cloz的一抗仍不行。是什么原因?蛋白酶抑制劑單加PMSF行嗎?
答:懷疑是樣品問題,可能是:1,樣品不能反復(fù)凍融;2,樣品未加蛋白酶抑制劑。同時(shí),建議檢查Western Blot過程, 提高一抗?jié)舛取τ诩拥鞍酌敢种苿﹣碚f,一般加PMSF就可以了,能多加幾中種蛋白酶抑制劑。
16、細(xì)胞水平要做western blot,多少細(xì)胞提的蛋白夠做western blot?
答:一般5×10^6就足夠了
17、同一樣品能同時(shí)提RNA又提蛋白么?這樣對western blot有無影響?
答:能,沒有問題。
18、同一蛋白樣品能同時(shí)進(jìn)行兩種因子的Western Blot檢測嗎?
答:當(dāng)然可以,有的甚至可以同時(shí)測幾十種樣品。
19、如果目標(biāo)蛋白是膜蛋白或是胞漿蛋白,操作需要注意什么?
答:如果是膜蛋白和胞漿蛋白,所用的去垢劑要溫和得多,這時(shí)加上NaF去抑制磷酸化酶的活性。
20、我的樣品的蛋白含量很低,每微升不到1微克,但是在轉(zhuǎn)膜時(shí)經(jīng)常會(huì)發(fā)現(xiàn)只有一部分蛋白轉(zhuǎn)到了膜上,就是在轉(zhuǎn)膜后染膠發(fā)現(xiàn)有的孔所有的蛋白條帶都在,只是顏色變淡了,有什么辦法可以解決?
答:你可以加大上樣量,沒有問題,還有轉(zhuǎn)移時(shí)你可以用減少電流延長時(shí)間,加20%。
21、想分離的蛋白是分子量200kd的,SDS-PAGE電泳的分離膠濃度多大合適?積層膠的濃度又該用多少?這么大分子量的蛋白容易作Western Blot嗎?
答:200kd的蛋白不好做, 分離膠用7%,積層膠 3.5%。
22、如果上樣量超載,要用什么方法來增加上樣量?
答:可以濃縮樣品,也可以根據(jù)你的目標(biāo)分子量透析掉一部分小分子蛋白。一般地,超載30%是不會(huì)有問題的。如果已經(jīng)超了不少了,而且小分子量的也要,可以考慮加大膠的厚度,可以試試1.5mm的。
23、蛋白變性后可以存放多久?
答:-80℃,一兩年沒有問題。zui關(guān)鍵兩條:不要被蛋白酶水解掉;不要被細(xì)菌消化掉(也是被酶水解了)。
24、我所測定的蛋白分子量是105KD,按理說分離膠應(yīng)當(dāng)采用7.5%,但資料卻要求分離膠和濃縮膠均采用11%的配方,不知為何?
答:上述提到的兩種凝膠均可以使用,因?yàn)?05KD的蛋白在上述兩種膠的線性分辨范圍內(nèi),但需注意條帶位置。
25、二抗是生物素化的抗體,三抗是親和素生物素體系,不知采用這樣的方案后,封閉液是否要作調(diào)整,能否再用5%的脫脂奶粉呢?好像有資料說脫脂奶粉會(huì)影響親和素生物素的生成,是嗎?
解答:不能使用脫脂奶粉,因?yàn)槊撝谭壑泻锼?,用BSA代替?yīng)該好一點(diǎn).
26、問一般一次上樣的蛋白總量是多少,跟目的蛋白的表達(dá)量有關(guān)系嗎?
答:Western Blot一般上樣30-100微克不等,結(jié)果跟目的蛋白的豐度、上樣量、一二抗的量和孵育時(shí)間都有關(guān)系,也與顯色時(shí)間長短有關(guān)。開始摸條件時(shí),為了拿到陽性結(jié)果,各個(gè)步驟都可以量多一點(diǎn)時(shí)間長一點(diǎn),當(dāng)然背景也就出來了。要拿到好的結(jié)果,如果抗體好的話比較容易,抗體不好的話就需要反復(fù)地試了,當(dāng)然有的不適合Western Blot的怎樣做也不行。
27、做組織樣品的western的時(shí)候,怎樣處理樣品?
答:必須進(jìn)行研磨、勻漿、超聲處理,蛋白質(zhì)溶解度會(huì)更好,離心要充分,膜蛋白需用更劇 烈的方法抽提,低豐度膜蛋白可能還要分步抽提(超速離心)。還有一點(diǎn)就是組織中的蛋白酶活性更強(qiáng),需要注意抑制蛋白酶的活性(加入PMSF)。
28、問大分子量蛋白200KD,在做western要注意什么呢?
答:做200kd蛋白的Western Blot時(shí)要注意,分離膠選擇>7%的;剝膠時(shí)要小心;轉(zhuǎn)移時(shí)間需要相應(yīng)延長;要做分子量參照(否則出現(xiàn)雜帶不知道如何分析)。
29、有什么方法可以提高上樣量?
答:a)可以濃縮樣品;增大上樣體積來增大上樣量;b)用5倍的上樣緩沖液來稀釋變性
30、蛋白的上樣量有沒有什么具體的要求?
答:上樣量要根據(jù)實(shí)驗(yàn)的要求來定, 如果要求是定量和半定量的Western Blot 則上樣量要均等,如果只是要定性,則沒有太大的關(guān)系, 盡量多上就行了, 但是不要超載.
31、一抗,二抗的比例是否重要?
答:比較重要,調(diào)整好一抗,二抗的比例,可以去掉部分非特異的本底。
32、要做磷酸化某因子Western Blot,其二抗有何要求?
答:對二抗無要求,要看你實(shí)驗(yàn)條件來選擇,一般推薦用HRP標(biāo)記的二抗。
33、免疫組化和Western Blot可以用同一種抗體嗎?
答:免疫組化時(shí)抗體識(shí)別的是未經(jīng)變性處理的抗原決定簇(又稱表位),有些表位是線性的,而有的屬于構(gòu)象型;線性表位不受蛋白變性的影響,天然蛋白和煮后的蛋白都含有;構(gòu)象型表位由于受蛋白空間結(jié)構(gòu)限制,煮后變性會(huì)消失。如果你所用的抗體識(shí)別的是蛋白上連續(xù)的幾個(gè)氨基酸,也就是線性表位,那么這種抗體可同時(shí)用于免疫組化和Western,而如果抗體識(shí)別構(gòu)象形表位,則只能用于免疫組化。
34、Western Blot 中抗體的可以重復(fù)應(yīng)用嗎?
答:抗體工作溶液一般不主張儲(chǔ)存反復(fù)使用,但是如抗體比較珍貴,可反復(fù)使用2-3次。稀釋后應(yīng)在2-3天內(nèi)使用,4度保存,避免反復(fù)凍融。
35、在做Western Blot時(shí),PVDF膜用浸泡的目的?
答:PVDF膜用泡的目的是為了活化PVDF膜上面的正電基團(tuán),使它更容易跟帶負(fù)電的蛋白質(zhì)結(jié)合,做小分子的蛋白轉(zhuǎn)移時(shí)多加也是這個(gè)目的。
36、檢測同一抗體的磷酸化和非磷酸化的抗原可以在同一張膜上嗎?
答:可以。
37、轉(zhuǎn)膜后經(jīng)麗春紅染色的條帶,為什么大蛋白分子的一端的轉(zhuǎn)膜好象不是很好,為什么?
答:這是正常的,大分子的蛋白轉(zhuǎn)移的慢, 你延長轉(zhuǎn)移時(shí)間和電流,大分子一端就會(huì)好的多,但是小分子的就有可能會(huì)變淡。
38、做Western Blot時(shí),同樣的抗體免疫組化能做出,而Western Blot卻不能?
答:這多半是抗體的問題,要看抗體的說明,是否能做Western Blot和免疫組化。
39、如果是6×8轉(zhuǎn)印膜,要加多少一抗?
答:一抗的稀釋度是有說明的,根據(jù)你的一抗看看就知道了,但是那么大的膜孵育體積一般zui少為3-5ml。
40、上下槽緩沖液有何要求,怎樣才能達(dá)到*效果。
答:無特殊要求。但我們一般是上槽放新鮮的緩沖液,下槽可以是重復(fù)使用過一兩次的緩沖液
41、跑電泳的時(shí)候配的膠總是“縮”是什么原因呢?是有的成分不對嗎?
答:沒什么問題,就是你膠里的水分被蒸發(fā)了。過夜時(shí)拿保鮮膜包起來,在里面加點(diǎn)水保持濕度就可以了;也可能母液(30%聚丙酰胺)有問題,你可以重新配制一份觀察;能夠替換的試劑,盡量換一下,選用好的試劑。
42、蛋白質(zhì)的分子量跨度很大,如要分離小21KD,中至66KD,大至170KD,可以一次做好嗎?
答:這么廣的分布不好轉(zhuǎn)移,一般建議:21kd和66kd可以一起轉(zhuǎn),12%SDS-PAGE, 濕轉(zhuǎn)120mA, 45-60min就可以了, 可以根據(jù)你實(shí)驗(yàn)室的經(jīng)驗(yàn)調(diào)節(jié);170kd 用7%SDS-PAGE,200mA 90-120min。
43、不能很好地將大分子量蛋白轉(zhuǎn)移到膜上, 轉(zhuǎn)移效率低怎么樣解決?
答:可以考慮:轉(zhuǎn)移緩沖液中加入20%(是指終濃度),因?yàn)榭山档偷鞍踪|(zhì)洗脫效率,但可增加蛋白質(zhì)和NC膜的結(jié)合能力,可以防止凝膠變形,對高分子量蛋白質(zhì)可延長轉(zhuǎn)移時(shí)間;轉(zhuǎn)移緩沖液加入終濃度0.1%SDS,也是為了增加轉(zhuǎn)移效率;用的轉(zhuǎn)移膜,或使用小孔徑的NC膜(0.2微米).
44、我用的是可視marker,但是電泳總跑不全8條帶,請問什么原因?怎樣改善?膠用過8%,10%,12%,都是這樣。marker是新買的。
答:一般來說,是小分子量Marker跑走了,增加膠濃度或減少電泳時(shí)間試試看。當(dāng)然梯度膠也是不錯(cuò)的選擇。
45、是否Western Blot實(shí)驗(yàn)半定量一定要加ACTIN內(nèi)參?
答:對于發(fā)表文章的實(shí)驗(yàn)加內(nèi)參,實(shí)驗(yàn)嚴(yán)謹(jǐn)。
46、核內(nèi)抗原Western Blot內(nèi)參選擇什么合適?
答:可以選用組蛋白,組蛋白在細(xì)胞核中的表達(dá)是很穩(wěn)定的,有很多都可以當(dāng)成內(nèi)參,在網(wǎng)上查查就可以選出你要的內(nèi)參。
47、做半定量Western Blot,內(nèi)參β-actin,GAPDH哪個(gè)好?
答:選用beta-actin就可以。
48、想問一下細(xì)胞裂解液選擇蛋白酶抑制劑時(shí)有什么原則嗎?受不受組織來源的影響?胞膜和胞漿有區(qū)別嗎?
答:一般來說提取時(shí)加入廣譜的蛋白酶抑制劑就可以了,操作時(shí)保持低溫。除非有文獻(xiàn)特別指明用特殊的方法,一般來說都沒有區(qū)別。
49、轉(zhuǎn)膜后的脫脂奶粉封閉液是5%的TBST脫脂奶粉”,其中TBSTzui后那個(gè)T是Tween嗎,濃度多大?
答:是Tween,配方如下:Tris-Buffered Saline Tween-20 (TBST), NaCl:8g, Tris base:2.42g 加水 800ml溶解, 加 500-1000ul 的 Tween-20, 用HCl 調(diào)節(jié)pH 至 7.4, 加水定容至 1L.
50、封閉,一抗,二抗時(shí)的溫度有沒有什么規(guī)定呢,比如在室溫里做,或者要在4度下?
答:均可在室溫進(jìn)行,如果時(shí)間不夠,一抗孵育可以先在室溫進(jìn)行一個(gè)小時(shí),然后4度過夜。
51、請問一下PVDF膜和膜結(jié)合蛋白的原理是什么?
答:一般而言,纖維素膜是通過疏水作用來和蛋白質(zhì)相聯(lián),這樣的話,反復(fù)洗幾次后,蛋白容易掉下來,結(jié)果較差。PVDF膜主要通過它膜上的正電荷和蛋白接合,同時(shí)也有疏水作用,但相對較弱。這樣的話,PVDF膜和蛋白接合較牢,不易脫落,結(jié)果較好。
52、怎樣才能把膠跑的非常漂亮,泳道都能很直,上樣的量和灌膠是否很重要,電壓有什么要求?
答:影響跑膠跑的質(zhì)量,有以下幾個(gè)因素:1、電壓,小的電壓會(huì)使膠的分子篩效應(yīng)得到充分發(fā)揮。電壓越小,條帶越漂亮,濃縮膠55v,分離膠75v就能跑得很好。2、膠的均勻度,膠越均勻,條帶越窄,分離越均勻。倒膠之前,一定要充分混勻,玻璃板一定要干凈,雙蒸水隔離時(shí),一定要比較輕地加上去,避免稀釋上層的分離膠.
53、為什么提高大分子量蛋白的轉(zhuǎn)移的時(shí)候,小分子量蛋白會(huì)丟失一些哪?什么原因?
答:小分子的蛋白在轉(zhuǎn)移過程中,會(huì)透過膜去,所以大分子的上去以后,有一部分小分子的就透過去了。
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